Давайте сразу определимся:

- фоновый режим - окно игры есть, но находится на заднем плане за другими окнами;
- свернутый режим - окно игры свернуто в трей и его нет.

Работа бота гарантирована только в первом режиме. Вероятнее всего близы как-то регулируют потребление ресурсов машины если окносвернуто. У меня, например, если клацнуть кнопку "Получить всю почту" и свернуть окно, то при разворачивании процесс будет на том же месте, где я его свернул, т.е. почта собрана не будет и ее сбор будет продолжен только после разворачивания.

Я так полагаю, что аналогичная ситуация и с ботом - при свернутом окне клиент игры переходит в "полуспящее" состояние и ваши ресурсы не успевают прогрузится до того, как бот их уже пролетает. Ну или вообще не грузятся.

Собственно выход очень прост, - делаете минимально возможное разрешение в игре, все настройки на минимум, потом еще мышкой ужимаете окно до минимума. Получается окно размером около 200х150.