После того как была внедрена функция на порт при поломке вещей, иногда бот оказывается на флае когда необходимо использовать хартстоун, а для того чтобы использовать его надо же быть на земле, можно ли это исправить?

Не совсем понятно что вас может "поломать" в воздухе... Вы летаете, собираете траву, приземлились, на вас напал моб, уменьшил прочность брони ниже указанной, бот убил моба, посмотрел,ч то вещи сломаны и производит обработку реакции. Когда вы на флае летаете, то вам же никто не может шмот сломать.

раньше Смертокрыл частенько вайпал в Сумеречном нагорье (во всяком случае - довольно часто - до 2-3 раз на день выходило на моего травника), причем на маунте такая фишка тоже часто проскакивала... а сейчас совсем халява стала - летай, не хочу, Смертокрыл куда-то под шконку заныкался, и не видно его совсем...

Такое происходит когда интернет лагает, например,бот реснулся у спирита, увидел что вещи поломаны, заюзал камень, и при подходе к вендору интернет лаганул, бот выбирает в цель вендора а ремонт не происходит а бот идет дальше не выполнив ремонт. И получается когда он уже в пути к фарм маршруту, он детектит что вещи поломаны, а сам он находится в воздухе и не может повторно юзануть камень, так и весит в воздухе до бесконечности.
Подобное, конечно, происходит очень редко, но хотелось бы чтобы вообще такого не происходило. Ведь боттинга это не всегда открытые пространства, незабаганные мобы, идеальный интернет и т.д.
Можно ли перед использованием камня пару сек держать кнопку вниз?

В 3.07 сделали юз камня только если персонаж не летит.