После того как обновил бота, пропали сигналы на реакции, хотя галочки включены..(при старте когда нажимаешь Начать бот раньше говорил ''Слушаюсь и повинуюсь'' сейчас же ничего!

Он больше тебе не повинуется

Может кто даст полноценный ответ или же хотя бы что делать в данной ситуации?

Попробуйте запустить бота не через ярлык, а напрямую через ехе файл из папки. Если поможет, то просто пересоздайте ярлык для запуска бота.