после того как записал маршрут, бот видит в нем 2212 точек, после того как отредактировал его в редакторе бот видит уже не 2212 точек а 608 (цифры не точные беру по памяти) но бот летает как и положено.

с чем связано то что он видит разное количество точек, до и после

Вы делаете в редакторе оптимизацию маршрута? Если да, то все очевидно - пр записи у вас стои расстояние примерно 15, оптимзация по умолчанию идет с расстоянием 50... т.е. количество точек сокращается в 3,33 раза.