Может я неувидел, но среди кнопок нет возможности вставлять модификатор (Shift, Ctrl, Alt)...
как предложение - в поле кнопки ставить S$+#, C$+#, A$+# - как модификатор кнопки, где # кнопка, а S, C, A соответствующие модификаторы

Модификаторы пока не поддерживаются.