Когда фармлю где-либо траву или руду, бот видит руду/траву под землёй, тоесть в пещерах, и начинает просто долбится в землю, чтобы попасть к этому ресурсу, как же быть?

Загляните на вкладку Редактор в боте.

Да я поставил галочку в "Автоматически добавлять недоступные ресурсы в список игнорирования", и в игнор добавил, но он подолбится, возвращается обратно на маршрут и опять начинает долбится.

размерность списка поставь больше или во вкладке "редактор" вручную добавь проблемное место, когда он долбится.

Проблема как бы решилась, но он летит в землю примерно 5 минут, только потом возвращается на маршрут и летит дальше.

Ну ты переборщил с пятью минутами. В каждую такую точку он долбится секунд по 30, пока не вернётся на маршрут